Τα αμινοξέα μπορούν να ενωθούν ανά δύο μεταξύ τους με σύνδεση του καρβοξυλικού άνθρακα του ενός αμινοξέος και του αζώτου της αμινοομάδας του άλλου αμινοξέος ( και την αφαίρεση ενός μορίου νερού). Ο δεσμός αυτός ονομάζεται πεπτιδικός δεσμός και το νέο μόριο που προκύπτει ονομάζεται πεπτίδιο ή διπεπτίδιο γιατί αποτελείται από δύο αμινοξέα.
Πεπτίδια λοιπόν ονομάζονται τα μόρια εκείνα που αποτελούνται από αμινοξέα συνδεδεμένα μεταξύ τους με πεπτιδικούς δεσμούς.
Αν έως 50 αμινοξέα συνδεθούν με πεπτιδικούς δεσμούς, τότε το πεπτίδιο χαρακτηρίζεται ολιγοπεπτίδιο. Αν περισσότερα από 50 αμινοξέα συνδέονται μεταξύ τους, τότε το μόριο που παράγεται χαρακτηρίζεται πολυπεπτίδιο. Οι πρωτεΐνες είναι πολυπεπτίδια και σύνθετες δομές πολυπεπτιδίων.
Κάποιες φορές ο όρος πεπτίδιο χρησιμοποιείται για τις πρωτεΐνες και αντίστροφα, ενώ μπορεί να ακούσετε να μιλάνε για την πεπτιδική αλυσίδα της πρωτεΐνης. Επίσης στην πράξη, κατά την υδρόλυση των πρωτεϊνών, συνήθως δεν προκύπτουν μόνο αμινοξέα αλλά πολλά ολιγοπεπτίδια αφού δεν υδρολύονται όλοι οι πεπτιδικοί δεσμοί που υπάρχουν μεταξύ των αμινοξέων. Μπορούμε να φανταστούμε τα αμινοξέα ως κρίκους (όπως φαίνονται στο σχήμα παρακάτω) που συνδέονται μεταξύ τους με πεπτιδικούς δεσμούς για να σχηματίσουν πεπτιδικές αλυσίδες. Αυτές οι αλυσίδες όταν είναι πολύ μεγάλες και μπερδεμένες λέγονται πρωτεΐνες. Όταν οι πρωτεΐνες υδρολύονται, δηλαδή σπάνε οι πεπτιδικοί δεσμοί, τότε δεν παράγονται μόνο κρίκοι που είναι τα αμινοξέα αλλά και πολλές κοντές αλυσίδες που είναι τα πεπτίδια ή ολιγοπεπτίδια.

